数据库打包出错，my.cnf丢失

出现过2次错误。
第一次是服务器因故重启后，mysqld一直启动失败，找不到原因，后来找了好久才发现是my.cnf内容空白，把镜像里的内容提取出来填进去，就可以了。
第二次是前些天误操作把数据弄丢了，赶紧找数据备份。我在面板里设置了每个小时备份一次数据，结果发现当天凌晨2点以后的数据全是20B，手动打包也一样。结果从凌晨2点到出错的时间段的数据全丢失了，造成的影响不小。在论坛里看了看到了类似的帖子，说是my.cnf文件原因，打开一看，果然又空白了。把内容填进去，重启mysqld，可以正常打包了。


咨询：是什么原因导致的my.cnf空白？凌晨2点前还能打包，凌晨2点后就全是20B，这个时间段是不会操作服务器的。

服务器环境：
系统: CentOS Linux 7.3.1611 (Core)　　
宝塔面板：V4.8.1
PHP版本：v5.2~7.1均已安装，网站和面板都使用5.6
数据库版本：v5.5
服务器4核8G内存100G容量，负载一直很低。
阿里云服务器，每天凌晨4点自动镜像

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