文件管理中，有一个网站的文件显示不全

linux版，总共创建了5个网站，其中4个正常，有一个网站的文件在后台文件管理中显示不全，只有四个文件夹能显示出来，连 .user.ini 都没有。实际上，应该有十几个文件夹和几十个文件在根目录的。


删除后，重新建新网站目录，默认的网站目录是正常的都能显示，但是把自己的网站程序放入后，又变成这样了。请问怎么回事？